El Plan Doctoral del IPK, rige su esencia en la formación académica de sus investigadores y profesores con un nivel de creación que significa una capacitación para la continuación de una labor científica e implique la realización de un trabajo intelectual productivo y de impacto. El IPK es centro autorizado a conducir Grados Científicos por la Comisión Nacional, en este sentido el IPK se ha propuesto un plan ambicioso, con resultados que gradualmente van exhibiendo, el papel relevante de la institución en la actividad que realiza en cuanto a los planes de desarrollo individual. Se va integrando el entrenamiento científico lo que asegura no solo los contenidos cognoscitivos sino todos los contenidos culturales propios de la profesión que le permitiran al formado, ser creativo y riguroso en su perfil de acción. Bien importante es el papel relevante de un plan de desarrollo individual en la actividad postgraduada correspondiente a la formación cultural y así se va conformando al futuro científico. El doctorado como la maestría, son etapas de gran relevancia en la formación de los investigadores y en este sentido los programas de doctorado deben concentrar su atención en los jóvenes, como la proyección científica de los pinos nuevos, dentro de la batalla de ideas que libra nuestro país, en los  perfiles biomédicos, tecnológicos y sociales. Para  alcanzar los objetivos señalados se organizó el Plan Doctoral del IPK según análisis y discusión con las Comisiones Científicas Especializadas y en estrecha relación con los Jefes de Departamentos y Subdirectores. Se expresan los resultados obtenidos en el Plan a partir de 1995 hasta el momento actual, tenemos 63 Doctores en Ciencia, se cumplimentan los objetivos trazados en cuanto al Plan Doctoral del IPK desde 1994 con el Tribunal Permanente de Infectología del IPK. La Comisión de Grados del IPK ha trabajado consecuente con el Plan propuesto por el IPK y la conducción de investigadores de otros centros del Polo Científico y del Sistema Nacional de Salud relacionados con las líneas de trabajo del IPK.